nixp.ru v3.0

22 октября 2017,
воскресенье,
09:13:21 MSK

DevOps с компанией «Флант»
Аватар пользователя Dmitr111
Dmitr111 написал 17 октября 2007 года в 08:35 (917 просмотров) Ведет себя как мужчина; открыл 1 тему в форуме, оставил 22 комментария на сайте.

Подскажите, какие у кого есть химические программы для Linux (рисовалки, трехмерное моделирование, смотрелки и т.д.) У меня уже есть XDrawChem, Chemtool, Jchempaint, Marvinsketch, Jmol, Chimera, Ghemical. Однако хотелось бы побольше. Заглядывал на сайт Linux4Chemistry, но там все на английском (не владею!), да и пробовать их все долго, так что лучше спрошу здесь.

OS-Mopslinux 5.1 (скоро перейду на 6)

Дмитрий Шурупов

http://www.nixp.ru/soft/science_chem

P.S. Буду благодарен пополнению этого списка :-)

Dmitr111

СКажу немного подробнее:

XDrawChem-двумерная рисовалка, но вообще у нее единственный плюс- русскоязычный интерфейс. А вообще — двойные связи сливаются и выглядят почти как одинарные, так что держу её только для полноты коллекции.

JChempaint- тоже не очень-то мне нравится.

Лучшая из двумерных рисовалок — Chemiool. Можно полученные формулы с помощью пакета Openbabel отконвертировать в какой-либо трёхмерный формат (например, в .gpr) и открыть с помощью того же просмотровщика Jmol (бесплатная химическая смотрелка, в дистрибутиве есть три «пусковых» файла под самые главные операционные системы) но, опять же,пока создашь трехмерную модель «без косяков» (вроде лишних атомов водорода и т.п.) потратишь несколько попыток.

Ghemical — программа для трехмерного моделирования по химии. Хотя созданные ей файлы с помощью Jmol я открыть не смог (хотя, как я уже сказал, если в этот формат конвертировать файлы, созданные Chemiool, проблем с их открытием не будет (возможно, виноваты кривые руки и незнание английского)).

Marvin- проприетарная программа, разрабатываемая ChemAxon. Для скачивания нужна регистрация (лучше скачивать чисто линуксовую версию). Можно делать двумерные формулы, можно трёхмерные (опять же, я открываю их в основном Jmol, он мне больше нравится, хотя там есть и свой просмотровщик).

Chimera — это программа не столько химическая, сколько биохимическая (предназначена для просмотра молекул белков, ДНК и т.д.)

Дмитрий Шурупов

Отлично :-)

Спасибо! Когда каталог софта обновлять будем, добавлю вашу информацию.